O ciclo de estudos orientado para a obtenção do grau de mestre em Bioquímica Aplicada compreende 4 semestres (2 anos letivos), sendo concedido o grau a quem nele obtiver 120 ECTS.
Este mestrado visa proporcionar uma formação académica abrangente, sólida e atualizada na área da Bioquímica, fortemente direcionada para os aspetos práticos desta ciência.
O primeiro ano do curso de 2ºciclo de Bioquímica Aplicada implica a frequência de oito unidades curriculares – obrigatórias e optativas – que têm como objetivo demonstrar aos estudantes a importância e contributo da Bioquímica para o desenvolvimento de outras áreas do saber, nomeadamente da saúde, alimentar e ambiental.
O segundo ano do curso compreende a realização de um projeto (de cariz predominantemente laboratorial, realizado em ambiente de investigação ou empresarial) que possibilita ao estudante o desenvolvimento dos seus conhecimentos, aptidões e competências, numa das áreas de aplicação mais específicas da Bioquímica - de acordo com as suas áreas de interesse.
O mestrado em Bioquímica Aplicada tem o suporte, em termos de recursos humanos e físicos, da Faculdade de Ciências Exatas e da Engenharia, da Faculdade de Ciências da Vida e do CQM – Centro de Química da Madeira (centro de investigação pertencente à Rede Nacional de Unidades de I&D financiada pela Fundação para a Ciência e Tecnologia).
Em Portugal, este ciclo de estudos encontra-se reconhecido (mediante Ofício da Direção Geral da Administração Escolar) para efeitos de progressão na carreira dos docentes do Ensino Básico,  3º ciclo e Ensino Secundário, para os grupos de recrutamento 510 e 520.